Po powrocie do Polski w 1971 r. właściciel rozpoczął starania o przekształcenie jej w samodzielne muzeum z jednoczesną nominacją dla siebie jako dożywotniego dyrektora i kustosza. Pomysł podsunął mu zaprzyjaźniony z nim etnograf-kustosz Muzeum Etnograficznego w Krakowie dr Janusz Kamocki, opierając się na precedensowym przekazaniu w ten sposób kolekcji starych zegarów państwu przez Andrzeja Przypkowskiego w Jędrzejowie.. Aktem notarialnym z dn. 26 lutego 1973 r. Andrzej Wawrzyniak przekazał swoją kolekcję na rzecz skarbu państwa, zostając kierownikiem Muzeum Archipelagu Nusantary znajdującego się w strukturach Muzeum Historycznego m. st. Warszawy (obecnie Muzeum Warszawy).
Na wniosek Ministerstwa Kultury i Sztuki w 1976 r. powołane zostało Muzeum Azji i Pacyfiku w Warszawie (z nową nazwą) jako samodzielna jednostka budżetowa mająca osobowość prawną. Organem założycielskim był Prezydent m.st. Warszawy i Ministerstwo Kultury i Sztuki, które sprawowało nadzór zwierzchni. W późniejszym okresie organ założycielski zmieniał się, a od 1999 r. jest nim Samorząd Województwa Mazowieckiego.