Filogeneza i klasyfikacja Dsungaripterus jest rodzajem typowym rodziny Dsungaripteridae należącej do nadrodziny Dsungaripteroidea, stanowiącej część większego kladu Lophocrania, wchodzącego w skład podrzędu pterodaktyli. Jego najbliższymi krewnymi są również należące do Dsungaripteridae: Domeykodactylus, Lonchognathosaurus, Noripterus i „Phobetor”. „Phobetor” parvus był początkowo opisany jako Dsungaripterus parvus, jednak późniejsze badania wykazały jego odrębność od Dsungaripterus. Obecnie rodzaj Dsungaripterus obejmuje dwa gatunki: D. weii, będący gatunkiem typowym, oraz D. brancai.
Paleobiologia i paleoekologia Dsungaripterus prowadził prawdopodobnie nadmorski tryb życia, na co wskazuje budowa dzioba – odpowiednia do brodzenia w mokrym piasku (jak dzisiejsze brodźce) i miażdżenia małży, krabów oraz innych niewielkich zwierząt chronionych przez twarde skorupy czy muszle. Badania Unwina i współpracowników (1997), wspierane przez Lima, Baeka i Yanga (2002) wskazują jednak na możliwy kontynentalny habitat Dsungaripterus. Hipotezę tę wspiera materiał kopalny – liczne szczątki pterozaurów z tego rodzaju odnajdowano w osadach lądowych, a nie morskich i nadmorskich.