Na 3 lata przed śmiercią postradał zmysły, rzadko się odzywał. Swoje życie komentował natomiast mówiąc, że mógłby osiągnąć więcej, gdyby pohamował satyryczne treści w swojej twórczości.
Gdy umarł, został pochowany obok Stelli, zgodnie ze swoim życzeniem. Jego cały majątek został przekazany na ufundowanie szpitala dla ludzi upośledzonych i obłąkanych.
Swift napisał dla siebie epitafium, które William Butler Yeats przetłumaczył na angielski z łaciny.
Hic depositum est corpus JONATHAN SWIFT S.T.D. Huyus Ecclesiae Cathedralis Decani Ubi saeva indignatio Ulterius Cor lacerare nequit Abi Viator Et imitare, si poteris Strenuum pro virili Libertatis Vindicatorem
Obiit 19 Die Mensis Octobris A.D. 1745 Anno Atatis 78
Tłumaczenie Yeatsa. Swift has sailed into his rest. Savage indignation there cannot lacerate his breast. Imitate him if you can, world-besotted traveler. He served human liberty.