Od wschodu również zakrystia, natomiast nad nią biblioteka. Sklepienie w zakrystii kolebkowe. Okna rozglifione, ostrołukowe, w głównej nawie do znacznej wysokości zamurowane, na zamurowaniu polichromia z 1952 roku autorstwa Józefa Filigera i Alojzego Gielniaka według projektu Wacława Taranczewskiego. Swoim kształtem szamotulska bazylika naśladuje formę tak zwanej bazyliki śląskiej.
Wnętrze mały|lewo|Centralna scena z pierwotnego tryptyku z 1521 roku nieznanego autora pt. Wniebowzięcie Najświętszej Marii Panny z ołtarza głównego skradziony przez hitlerowców Do najciekawszych elementów wyposażenia wnętrza należą:thumb|left|Późnorenesansowy ołtarz główny z około 1616 r. – z obrazami w miejscu skradzionego tryptykulewo|mały|Bazylika w Szamotułach – ołtarz boczny z ruską ikoną Matki Boskiej Kazańskiejmały|Barokowa płyta nagrobna Anny z Niegolewskich, Mycielskiej, Tuczyńskiej Późnorenesansowy ołtarz główny z około 1616 r., trójpolowy z dekoracją snycerską o motywach roślinnych i okuciowych autorstwa prawdopodobnie Stanisława Kossiorowicza z Poznania. Na gzymsach ołtarza rzeźby apostołów św. Piotra i św. Pawła, na szczycie natomiast zmartwychwstały Chrystus i aniołowie.