Obawiający się reklamowania i braku kontroli w anglocentrycznej Wikipedii uczestnicy projektu hiszpańskojęzycznej Wikipedii stworzyli fork Wikipedii, w lutym 2002 roku. Później w tym samym roku Wales ogłosił, że Wikipedia nie będzie wyświetlała reklam, a projekt został przeniesiony z wikipedia.com pod adres wikipedia.org.
mały|Jimmy „Jimbo” Wales
20 czerwca 2003 roku założyciele Wikipedii i Nupedii postanowili powołać do życia Wikimedia Foundation. Wikipedia i jej siostrzane projekty funkcjonują pod szyldem tej organizacji non-profit. 17 września 2004 roku Wikimedia Foundation złożyła wniosek do amerykańskiego urzędu patentowego, aby zarejestrować słowo Wikipedia oraz jej logo jako znaki towarowe.
W 2006 tygodnik „Time” nazwał Wikipedię „kosmicznym kompendium” internetowej encyklopedii i uznał za wzorową społeczność internetową (wspólnie z Myspace oraz YouTube), nadając tytuł „Człowieka Roku 2006”