W dwa miesiące później 12 kwietnia 1204 opuścił oblężony ponownie przez krzyżowców Konstantynopol zabierając Eudoksję I jej matkę. Zbiegowie udali się do Mosynopolis w Tracji, na dwór zbiegłego wcześniej Aleksego III. Aleksy III kazał Murzuflosa oślepić, porzuconego pojmali krzyżowcy I stracili.
Pod naporem nacierających od północy krzyżowców pod wodzą Bonifacego z Montferratu Aleksy III i Eufrozyna zbiegli najpierw do Tesaloniki, a następnie do Larisy w Tesalii, na tereny znajdujące się we władzy greckiego możnowładcy Leona Sgurosa. Za Sgurosa Aleksy po raz trzeci wydał swą córkę Eudoksję. Jednak jego siły były zbyt słabe by stawić opór łacinnikom, wyparty z Tesalii i Beocji schronił się w twierdzy korynckiej. Eufrozyna i Aleksy zostali w Tebach schwytani przez wojska Bonifacego. Aby uniknąć dalszych komplikacji krzyżowcy umieścili ich w więzieniu w Genui. W 1209 lub 1210 wykupił ich z niewoli ich kuzyn Michał I Angelos, władca Epiru. Aleksy III jeszcze w 1210 roku opuścił dwór swego dobroczyńcy w Arcie. Eufrozyna pozostała w Epirze, snując być może plany odzyskania ziem w południowej Tesalii, które posiadała przed 1203 rokiem.