W 2004 po raz pierwszy władze chińskie zgodziły się na czasowy pobyt w Chinach rosyjskich księży prawosławnych, którzy okazjonalnie odprawiali nabożeństwa w cerkwiach w Harbinie. Patriarchat moskiewski umożliwia również kształcenie kleryków chińskich w swoich seminariach w Rosji, lecz podjęcie przez nich posługi w Chinach w przyszłości zależy od stanowiska władz świeckich.
W 2006 ilość prawosławnych żyjących w Chinach szacowana była na 13 tys., z czego 400 osób w stolicy kraju. Chiński Kościół Prawosławny nadal jest nielegalny, jednak w XXI w. możliwe było na ograniczoną skalę wydawanie publikacji religijnych w języku chińskim, zaś w 2009 po raz pierwszy od powstania Kościoła wyświęcono wolno stojącą świątynię – cerkiew św. Innocentego Irkuckiego w Labdarinie.
W 2010 ks. Dionizy Pozdniajew, proboszcz parafii Świętych Piotra i Pawła w Hongkongu, w wywiadzie dla portalu Interfax zaapelował do Patriarchatu Moskiewskiego o większe zaangażowanie na rzecz Chińskiego Kościoła Prawosławnego. Podkreślał, że grupy prawosławnych żyją nie tylko w miejscach, gdzie istnieją już otwarte cerkwie.