oraz karcer (wejście z kościoła) znajdujący się pod wieżą wysoką. mały|lewo|Wnętrze bazyliki Do II wojny światowej nazywany „kościołem niemieckim” (w odróżnieniu od stojącego obok „kościoła polskiego”). Po wysiedleniu Niemców w 1945 r. kościół był używany przez kętrzyńską parafię ewangelicką. Już rok później, w 1946, budynek został zarekwirowany przez władze komunistyczne i natychmiast przekazany Kościołowi rzymskokatolickiemu.
Jako świątynia rzymskokatolicka, kościół św. Jerzego od 22 lipca 1999 posiada tytuł bazyliki mniejszej. W kościele dawna kaplica św. Jakuba po reformacji pełniła funkcję baptysterium, które w 1962 roku ukształtowano architektonicznie na wzór Ostrej Bramy w Wilnie, gdzie zawieszono kopię obrazu Matki Bożej Ostrobramskiej. 15 listopada 1970 roku ks. bp Henryk Gulbinowicz uroczyście poświęcił szaty z koronami i przyozdobił nimi wizerunek Matki Bożej. 7 czerwca 1992 r. metropolita warmiński ks. abp Edmund Piszcz specjalnym dekretem ustanowił w kościele św. Jerzego w Kętrzynie Archidiecezjalne Sanktuarium Maryi Panny Matki Miłosierdzia oraz podniósł kościół św. Jerzego do godności kolegiaty. Z tego miejsca zawsze na początku lipca odbywają się piesze pielgrzymki do Wilna. mały|lewo|Widok bazyliki z XIX w. W obrębie zachowanych murów obronnych, przylegających do kościoła św.