Sezon 2009/2010 był dla Rooneya jednym z najlepszych w karierze. Po odejściu z zespołu Cristiano Ronaldo i Carlosa Téveza, Anglik wziął na siebie ciężar zdobywania goli. W 42 rozegranych meczach Rooney strzelił 34 bramki. Wśród nich znalazło się 26 trafień ligowych, co dało mu drugie miejsce w klasyfikacji strzelców, zaraz za Didierem Drogbą. Warto odnotować, że w meczu przeciwko Wigan Athletic (5:0), Anglik zdobył swojego setnego gola dla Manchesteru United. Rooney miał szansę bardziej wyśrubować statystyki i sięgnąć po koronę króla strzelców, jednak uniemożliwiła mu to kontuzja nabyta w meczu ćwierćfinałowym z Bayernem Monachium, która dawała o sobie znać już do końca sezonu.
19 października 2010 r. trener Alex Ferguson poinformował na konferencji prasowej, że Rooney postanowił nie przedłużać kontraktu z Manchester United i pragnie opuścić klub. Tę decyzję wiązano z jego konfliktem z trenerem: Ferguson przestał wystawiać Rooneya w wyjściowej jedenastce, tłumacząc decyzję urazem kostki piłkarza, czemu jednak ten ostatni zaprzeczał. Następnego dnia po oświadczeniu Fergusona, plany transferowe Rooneya potwierdził on sam, jako powód swej decyzji wskazując skromne – jego zdaniem – plany transferowe klubu i brak gwarancji sukcesów w przyszłości.