Po rozwodzie Eudoksja wróciła do swego ojca do Konstantynopola.
W Konstantynopolu Eudoksja została kochanką Aleksego Dukasa zwanego Murzuflosem. Pod koniec czerwca 1203 roku pod Konstantynopol przybyli krzyżowcy upominający się o prawa do tronu cesarskiego syna Izaaka II, Aleksego. Po krótkim oblężeniu Aleksy III zbiegł z Konstantynopola zabierając ze sobą skarb, klejnoty koronne i ukochaną córkę Irenę. Przywrócony na tron stryj Eudoksji Izaak II I koronowany niewiele później na cesarza jego syn Aleksy utrzymali się przy władzy do 25 stycznia, kiedy to w wyniku przewrotu pałacowego rządy przejął kochanek Eudoksji Aleksy Murzuflos. Koronowany na cesarza 5 lutego, opuścił Konstantynopol w nocy z 12 na 13 kwietnia, po kilkudniowym oblężeniu, zabierając ze sobą Eudoksję i jej matkę Eufrozynę. Zbiegowie udali się do Mosynopolis w Tracji do cesarza wygnańca Aleksego III. W Mosynopolis Eudoksja za zgodą ojca poślubiła Aleksego Murzuflosa. Jednakże latem, kiedy kalkulacje związane z osobą Murzuflosa okazały się pomyłką, Aleksy III kazał oślepić zięcia w łaźni. Jesienią 1204 roku Mosynopolis zaatakowali dowodzeni przez Bonifacego z Montferratu krzyżowcy. Aleksy III z rodziną wycofał się do Tesaloniki, a stamtąd do rządzonej przez Leona Sgurosa Tesalii. Niewidomego Murzuflosa pojmali łacinnicy w okolicach Mosynopolis.