II Rzeczpospolita Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości, Chłapowski w grudniu 1918 r. został jednym z 17 delegatów swojego powiatu do Polskiego Sejmu Dzielnicowego, który obradował w PoznaniuDziennik Polskiego Sejmu Dzielnicowego w Poznaniu w grudniu 1918, Poznań 1918, s. 108.. Ponadto włączył się w organizację oddziałów Straży Ludowej podczas powstania w Wielkopolsce, a następnie zaangażował się w działalność na rzecz integracji Wielkopolski z systemem gospodarczym odrodzonego państwa polskiego. Zaangażował się w powołany w 1919 r. Wielkopolski Związek Producentów Rolnych, którego był prezesem w latach 1920–1923. Z kolei w latach 1921–1924 był prezesem Banku Cukrownictwa w Poznaniu. W 1922 r. z ramienia Chrześcijańsko-Narodowego Stronnictwa Rolniczego (ChNSR) został posłem. Został członkiem Klubu Chrześcijańsko-Narodowego, w którym pełnił funkcję wiceprzewodniczącego. Po poparciu drugiego rządu Wincentego Witosa przez Klub Chrześcijańsko-Narodowy, 27 października 1923 r. Chłapowskiego powołano na ministra rolnictwa i dóbr państwowych. Opowiadał się za modernizacją rolnictwa, popierał ograniczenie subwencjonowania przez państwo organizacji rolniczych. Jego misja jako ministra zakończyła się z powodu konfliktów, w związku z projektowaną reformą rolną.