W tym czasie redagowany przezeń periodyk zyskał sławę gazety pracującej w obszarze dotąd nieporuszanym przez historyków na szerszą skalę i dokonującym wielu nowych odkryćBruno Groppo et Bernard Pudal, article Trois enjeux en débat [w:] Le siècle des communismes, l'Atelier, 2000, 2004, s.107-108. Po upadku ZSRR i otwarciu części archiwów radzieckich, Courtois uznał, że nastąpił prawdziwy początek pisania historii komunizmu; duża część redakcji periodyku opuściła go jednak, uznając, iż już w tym okresie Courtois wybiórczo traktował archiwa i szukał w nich przede wszystkim dowodów słuszności własnych antykomunistycznych tez .
Czarna księga komunizmu Już jako uznany historyk komunizmu we Francji i na świecie, Courtois wziął udział w pracach nad Czarną księgą komunizmu, do której napisał wstęp oraz rozdział poświęcony ZSRR. Innymi autorami dzieła byli Nicolas Werth, Jean-Louis Panné, Jean-Louis Margolin, Karel Bartosek i Andrzej Paczkowski. Praca, skupiająca się na demaskowaniu zbrodni popełnionych przez partie i organizacje powołujące się na ideologię komunistyczną, wywołała poważne kontrowersje, których duża część skupiała się na fragmentach napisanych przez Courtois. Nicolas Werth zarzucił mu zawyżenie (z 15 mln na 20) liczby ofiar komunizmu radzieckiego, Margolin – podobne zawyżenie w stosunku do Wietnamu.