19 kwietnia 1944 aresztowany w konspiracyjnym lokalu, przewieziony do Gestapo, więziony na Pawiaku i w Alei Szucha. Pięć dni po jego aresztowaniu szef BIP płk Jan Rzepecki doprowadził przy udziale kpt. Bolesława Kontryma do kontrowersyjnej likwidacji skłóconego z Rutkowskim współpracownika, Jana Sawki, jako odpowiedzialnego za serię nalotów na drukarnie; wyrok na Sawkę został wydany przez Wojskowy Sąd Specjalny 15 czerwca 1944, po powrocie Rutkowskiego z więzienia. Początkowo Rutkowski był torturowany, ale wykorzystując zainteresowanie gestapowców rozmowami z podziemiem w sprawie współpracy przeciwko ZSRR i swoją faszystowską przeszłość polityczną przekonał ich do zorganizowania mu 14 czerwca 1944 pozorowanej ucieczki, która stała się ucieczką faktyczną.

Po uwolnieniu powrócił do pracy podziemnej. Po wybuchu powstania warszawskiego objął kierownictwo nad całą poligrafią powstania jako szef Wojskowych Zakładów WydawniczychTajne Wojskowe Zakłady Wydawnicze przekształcono w Wojskowe Zakłady Wydawnicze.. 5 sierpnia 1944 otrzymał od dyrektora Departamentu Informacji Delegatury Rządu na Kraj Stanisława Kauzika nominację na komisarza dla spraw drukarskich na m.st. Warszawę. Kierował kilkunastoma powstańczymi drukarniami.