Zastosowania praktyczne podpisu kwalifikowanego przesyłanie dokumentów do jednostek administracji publicznej (od 9 lipca 2011 roku darmową alternatywą jest profil zaufany) podpisywanie umów zapisanych w formie elektronicznej składanie zleceń w niektórych aukcjach internetowych podpisywanie faktur elektronicznych (do 31 grudnia 2010 roku) uwierzytelnianie transakcji w banku
Elementy niezbędne do podpisania dokumentu certyfikat zawierający informacje o właścicielu Certyfikatu klucz publiczny, który służy do weryfikacji podpisu klucz prywatny, który w przypadku certyfikatu kwalifikowanego znajduje się na karcie kryptograficznej urządzenie do odczytu kart aplikacja podpisująca
Kwalifikowany certyfikat w Polsce musi spełniać wymagania określone w Rozporządzeniu Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) nr 910/2014 z dnia 23 lipca 2014 r. w sprawie identyfikacji elektronicznej i usług zaufania w odniesieniu do transakcji elektronicznych na rynku wewnętrznym oraz uchylające dyrektywę 1999/93/WE (). Ponadto obecnie obowiązuje ustawa z dnia 5 września 2016 r. o usługach zaufania oraz identyfikacji elektronicznej ().
Certyfikat kwalifikowany może być wydawany jedynie osobom fizycznym.