Podczas jednego z meczów quidditcha gracz steruje Ginny Weasley, która przejęła w drużynie obowiązki zawieszonego w prawach ucznia Pottera.
W grze powrócił nieobecny od Harry’ego Pottera i Komnaty Tajemnic Klub Pojedynków, w ramach którego Harry Potter może swobodnie pojedynkować się z innymi uczniami – również za pośrednictwem gry wieloosobowej – ucząc się nowych zaklęć. Klub domu Gryffindor znajduje się w Wielkiej Sali, z kolei pozostałych domów na szkolnych dziedzińcach. Harry uczęszcza również na zajęcia z warzenia eliksirów, będące prostymi minigrami, w których należy podążać za wskazówkami wyświetlanymi na ekranie.
Szkoła, będąca głównym obszarem, po którym gracz porusza się w grze, jest niemalże identyczna jak w poprzedniej odsłonie, dodano do niej jednak kilka nowych obszarów, takich jak chociażby błonia prowadzące do głównego wejścia, z kolei inne – dostępne wcześniej – zostały wyłączone z użytku ze względu na nowe środki bezpieczeństwa, jakie wprowadzono w placówce.