wyodrębniono dziesiątki grup genetycznych, łączonych w duże rodziny językowe (zwane fylami), na podstawie danych z zakresu leksykostatystyki, typologii oraz językoznawstwa historyczno-porównawczego. Nie jest jasne, czy grupy te można sprowadzić do jednej rodziny językowej. William A. Foley (1986) wskazuje na istnienie co najmniej sześćdziesięciu rodzin języków papuaskich (w ujęciu konserwatywnym), trudnych do powiązania bez adekwatnej dokumentacji i wiedzy komparatystycznej. Ich jedność genetyczna, choć niewykluczona, pozostaje nieweryfikowalna przy użyciu metod językoznawstwa. Od lat 70. XX w. nie postuluje się ich pokrewieństwa. Do słabo zrozumianych należą też wzajemne powiązania języków Nowej Gwinei z nieaustronezyjskimi językami wschodniej Indonezji i Timoru Wschodniego. Największa szerzej przyjęta rodzina języków papuaskich to języki transnowogwinejskie.