W 1886 odmówił przyjęcia posady w Berlinie.
W 1893 został wybrany konsultantem w dziedzinie kopalnictwa (Oberbergrat) i członkiem Austriackiej Akademii Nauk.
Dzieła Waagena powstałe przed wyjazdem do Indii dotyczyły przede wszystkim Wyżyny Frankońskiej i jej skamieniałości. Jego wiekopomne dzieło dotyczy jednak prezentacji materiału paleontologicznego odnalezionego w Górach Solnych (Sakhisar) w Pendżabie. W 1869, po dokładnych studiach dotyczących znalezionych amonitów, Waagen udokumentował swą teorię mutacji dotyczącą serii skamieniałości. Teoria ta nazywana jest też teorią ewolucji ammonitów.
Będąc młodym naukowcem, brał aktywny udział w życiu monachijskiego Kościoła katolickiego. Na dwa lata przed śmiercią napisał rozprawę na temat pierwszego rozdziału biblijnej starotestamentowej Księgi Rodzaju.
Wydane dzieła Waagen był jednym z wydawców periodyku naukowego Geognostische-paläontologische Beiträge wydawanego w Monachium. W latach 1894–1900 redagował w Wiedniu Beiträge zur Paläontologie Oesterreich-Ungarns und des Orients. Po śmierci Joachima Barrandego wydał kilka tomów jego Système silurien.