W 1751 kościół przeszedł generalny remont. Wymieniono kościelny dach, usuwając gotyckie sklepienie i budując w jego miejsce drewniany strop beczkowy. Wymieniono filary kościelne, zostawiając tylko jedną parę pierwotnych czternastowiecznych kolumn, dodano ponadto dwie kondygnacje empor w bocznych nawach. Przy okazji prac budowlanych w kościele Christoph Heinrich Obuch dokonał renowacji organów w świątyni. Rozebrano wejście na wieżę (do tej pory jest niedostępna) oraz wykonano pseudogotyckie blendy na dolnych poziomach kościelnych ścian. W latach 1758 i 1762 pasłęczanie składali w kościele hołd carycy Elżbiecie oraz carowi Piotrowi III.
W 1869 kościół przeszedł ponowny remont generalny, a w 1922 pożar zniszczył wieżę kościelną, która po odbudowie straciła dotychczasowe barokowe zwieńczenie (zastąpione dachem siodłowym). W 1946 został na nowo przejęty przez katolików, którzy w latach 60. i 70. odmalowali kościół, zamurowali część okien, wykonali stacje drogi krzyżowej i konfesjonały oraz ufundowali nowe witraże.
Od lipca 1993 przy parafii działa katolickie radio Quo Vadis.