W lidze Mallorca była trzecia, a jesienią bezskutecznie walczyła w eliminacjach do Ligi Mistrzów i w Pucharze UEFA. W Mallorce Jovan grał do połowy sezonu 2000/2001, w którym Mallorca zajęła 3. miejsce.
Zimą 2001 roku Stanković odszedł do francuskiego Olympique Marsylia. W Ligue 1 po raz pierwszy wystąpił 3 lutego 2001. Dla Olympique rozegrał tylko 6 spotkań, a klub z Marsylii dopiero w ostatniej kolejce utrzymał się w lidze. Latem Jovan odszedł do grającego w Segunda División Atlético Madryt. W 2002 roku awansował z nim do Primera División i w jego barwach grał tam jeszcze przez rok. W 2003 roku Serb wrócił do Mallorki. Spędził tam jeden sezon, a w kolejnym występował w drugoligowym UE Lleida. Karierę zakończył w 2005 roku.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1992/93 FK Crvena zvezda Super liga Srbije 2 0 1992/93 Radnički Nisz Super liga Srbije 17 1 1993/94 FK Crvena zvezda Super liga Srbije 28 2 1994/95 FK Crvena zvezda Super liga Srbije 20 1 1995/96 FK Crvena zvezda Super liga Srbije 13 0 1995/96 Radnički Belgrad Super liga Srbije 7 0 1995/96 RCD Mallorca Segunda División 20 1 1996/97 RCD Mallorca Segunda División 25 3 1997/98 RCD Mallorca Segunda División 35 4 1998/99 RCD Mallorca Primera División 36 4 1999/00 RCD Mallorca Primera División 24 5 2000/01 RCD Mallorca Primera División 14 0 2000/01 Olympique Marsylia