Okres II wojny światowej W trakcie okupacji polskie uczelnie były zamknięte. Zbiory i wyposażenie wielu pracowni UW zostały wywiezione do Niemiec, a budynki uniwersytetu przekształcono częściowo w koszary żandarmerii. Pomimo zakazów okupanta i groźby kary śmierci wielu wykładowców prowadziło zajęcia ze studentami w mieszkaniach prywatnych. W ten sposób powstała rozbudowana struktura tajnego nauczania, stanowiąca część polskiego ruchu oporu. W 1944 roku w zajęciach uczestniczyło ok. 300 pracowników naukowych i 3500 studentów.
Tajne kształcenie na Wydziale Lekarskim UW realizowano w Prywatnej Szkole Zawodowej dla Pomocniczego Personelu Sanitarnego dr Jana ZaorskiegoIrena Ćwiertnia-Sitowska, Studia medyczne w latach 1941–1949, w: Wspaniali i niezapomniani (cz. 3). Studia medyczne w latach 1941–1949; Nasi nauczyciele, Miesięcznik Okręgowej Izby Lekarskiej w Warszawie im. prof. Jana Nielubowicza, Numer 2011-05..
Większość studentów była jednocześnie żołnierzami podziemia. W czasie wojny zginęło 63 profesorów UW. Infrastruktura uczelni uległa zniszczeniu w 60%, a zbiory w 70–80%.
W czasie powstania warszawskiego kompleks gmachów uniwersytetu był ważnym punktem niemieckiego oporu w Śródmieściu.