Holendrzy rozpoczęli następnie przygotowania do uzyskania przez Nową Gwineę niepodległości, jednakże Indonezja zgłaszała pretensje również do tej części dawnego imperium kolonialnego.
thumb|Rdzenna ludność w 1958 Indonezja usiłowała infiltrować prowincję, a od 1958 roku, podczas rządów prezydenta Sukarno, objęła wrogi wobec Holandii kurs polityczny. Jednocześnie Indonezja wszczęła intensywne zbrojenia z pomocą komunistycznego bloku wschodniego, między innymi przejmując począwszy od 1959 roku od ZSRR liczne okręty oraz nowoczesne samoloty. W 1960 roku Indonezja otwarcie żądała na forum międzynarodowym przekazania jej jurysdykcji nad wyspą, a 5 października tego roku Sukarno zagroził użyciem środków militarnych. Holandia wzmacniała w tym okresie swoją obecność wojskową w kolonii, w tym na Biaku stacjonowała 321 eskadra lotnicza, a w 1960 roku dodatkowo przebazowano tam 322 eskadrę z 12 myśliwcami Hawker Hunter. Już w toku walk, wiosną 1962 roku przerzucono na wyspę dalszych 14 najnowszych Hunterów Mk 6.
W 1959 r. przeprowadzono wybory lokalne. Nowo wybrany parlament zadeklarował 5 kwietnia 1961 zamiar ogłoszenia pełnej niepodległości do końca dekady.