W dniach 7–8 lutego 1996 podpisała porozumienia programowe o współpracy z Partią Konserwatywną, Stronnictwem Ludowo-Chrześcijańskim, Stronnictwem Demokratycznym i Partią Republikanie. W styczniu 1997 odeszła grupa działaczy z prawicowego skrzydła partii (m.in. kilku posłów z Janem Marią Rokitą i Bronisławem Komorowskim na czele), która współtworzyła Stronnictwo Konserwatywno-Ludowe. Pod koniec II kadencji Sejmu klub UW liczył 65 posłów. W Senacie unię reprezentował wówczas siedmioosobowy Senatorski Klub Demokratyczny.
Lata 1997–2001 Na początku 1997 niektóre sondaże dawały jej poparcie poniżej 5%. Jednocześnie według badań OBOP z tego samego czasu zarówno partia, jak i jej niektórzy politycy mieli wysoką rozpoznawalność. Kampanię wyborczą do parlamentu rozpoczęła konwencja krajowa z 22 czerwca. W wyborach parlamentarnych w 1997 Unia Wolności wystartowała samodzielnie, przyjmując na swoje listy przedstawicieli Stronnictwa Demokratycznego. UW zajęła trzecie miejsce, uzyskując 13,4% głosów i otrzymując 60 mandatów poselskich oraz 8 mandatów senatorskich (senatorowie utworzyli Klub Demokratyczny Senatu). W październiku tego samego roku utworzyła wraz z Akcją Wyborczą Solidarność koalicję rządową.