W następnym roku jeszcze raz obronił swój pas mistrzowski, pokonując w trzeciej rundzie przez techniczny nokaut Emmanuela Lucero, a następnie znów zmienił kategorię na wyższą – piórkową, aby móc zmierzyć się z Markiem Antoniem Barrerą. Do pojedynku doszło 15 listopada 2003. Pacquiao wygrał go przez techniczny nokaut w jedenastej rundzie, kiedy to trener Meksykanina wszedł na ring przerywając walkę. Pacquiao już w pierwszej rundzie leżał na deskach, z kolei Barrera był liczony w rundzie trzeciej i jedenastej, sędzia w dziewiątej rundzie odebrał mu też jeden punkt za uderzenie po przerwie.
8 maja 2004 zmierzył się z mistrzem świata WBA i IBF Juanem Manuelem Márquezem. Pojedynek zakończył się remisem, mimo iż Márquez w pierwszej rundzie trzykrotnie leżał na deskach. Jeden z sędziów przyznał później, że błędnie przyznał punkty za pierwszą rundę – w protokole wpisał 10:7 dla Pacquiao, zamiast 10:6. Gdyby się nie pomylił, Filipińczyk wygrałby pojedynek na punkty. Jeszcze w tym samym roku pokonał w czwartej rundzie Fashsana 3K Battery.