Przedmiotem licznych analiz Instytutu była działalność Radia Wolna Europa. Opracowanie Instytutu, w którym autorzy zwracali uwagę na obrany przez Jana Pawła II nowy, konfrontacyjny kurs w polityce Watykanu wobec bloku wschodniego, posłużyło za podstawę dokumentu pt. „O miejscu Polski w strategii i polityce Watykanu”, przedłożonego przez KGB Wydziałowi Międzynarodowemu Komitetu Centralnego Komunistycznej Partii Związku Radzieckiego we wrześniu 1979. Przyjmując za opracowaniem, że Watykan zintensyfikował walkę ideologiczną przeciwko krajom socjalistycznym i prowadzi politykę „bezpośredniej ingerencji” w ich sprawy wewnętrzne, KPZR zdecydowała w listopadzie 1979 o wszczęciu działań propagandowych przeciwko papiestwu. Andrzej Paczkowski wysunął tezę, że radzieckie działania podjęte z inspiracji polskiej obejmowały przygotowanie zamachu na Jana Pawła II, z czym nie zgodzili się Antoni Dudek i Konstanty Miodowicz.
Publikacje Instytutu były wydawane na prawach rękopisu lub zastrzeżone do użytku wewnętrznego.