We wrześniu 1943 oddział został odbudowany przez rtm. Zygmunta Szendzielarza ps. Łupaszko. Utworzono także kolejne oddziały: cichociemnego por. Adama Boryczki ps. „Tońko”, N.N. ps. „Dzik”, por. Gracjana Fróga ps. „Szczerbiec”, por. Adama Walczaka ps. „Nietoperz” oraz Jana Czerwińskiego ps. „Żuk”. Pod koniec 1943 oddziały rozpoczęły przekształcanie się w brygady partyzanckie: m.in. oddział „Szczerbca” w 3 Brygadę, oddział „Łupaszki” w 5 Brygadę, oddział „Tońki” stał się zawiązkiem 6 Brygady, oddział „Żuka” w 7 Brygadę, oddział „Nietoperza” został zalążkiem 13 Brygady. W okręgu działało 16 brygad partyzanckich oraz 10 mniejszych oddziałów, łącznie w sile ok. 10 tys. żołnierzy.

W kwietniu 1944 powołano Sztab Oddziałów Polowych oraz z Inspektoratów: „A” (wileńsko-trocki), „B-C” (Brasław-Postawy) oraz „F” (Oszmiana-Mołodeczno) utworzono trzy zgrupowania partyzanckie. W pierwszym półroczu 1944 wileńskie oddziały AK przeprowadziły ok. sto kilkadziesiąt istotnych akcji bojowych przeciwko niemieckiemu okupantowi i litewskim kolaborantom.