Po krótkiej potyczce Super-X trafia w Godzillę kadmowymi pociskami powodując u niego nieprzytomność.
Jedna z radzieckich rakiet zostaje wystrzelona ku Tokio, dokładnie dzielnicy Shinjuku. Zaniepokojeni Sowieci natychmiast informują Japończyków o zbliżającym się zagrożeniu. Mieszkańcy dystryktu są ewakuowani do podziemnych bunkrów. Japoński rząd prosi o pomoc Amerykanów, by strącili pocisk. Amerykanie zgadzają się i w ostatniej chwili strącają pocisk atomowy własną rakietą, wywołując burzę magnetyczną nad Tokio. Uderzenia piorunów budzą Godzillę, który kontynuuje walkę z Super-X. Helikopter z Hiroshim na pokładzie przybywa, by ewakuować profesora Hayashidę, Naoko i Makiego. Z powodu silnego wiatru helikopter zabiera jedynie profesora Hayashidę z urządzeniem. Makiemu i Naoko z pomocą bezdomnego udaje się uciec z budynku. Profesor Hayashida w końcu ustawia swoje urządzenie i Godzilla podąża za magnetyzmem do wulkanu Mihara, gdzie z pomocą urządzenia i kilku ładunków wybuchowych zostaje zrzucony do krateru wulkanu.