W tym samym czasie świątynia zyskała dzisiejsze okazałe barokowe wyposażenie. Ołtarz główny (rama i nastawa) jest dziełem F. I. Weisse (1733–1738) z obrazem wykonanym przez A. Stevense (1660) przedstawiającym świętych z zakonu dominikanów pod ukrzyżowanym Chrystusem: Dominika, Tomasza z Akwinu, Piotra Męczennika z Werony, Piusa V, Alberta, Jacka, Katarzynę ze Sieny oraz Augustyna z Hippony. Na krzyżu widnieje napis: „Głosimy Chrystusa Ukrzyżowanego”. Na ołtarzu stoją figury św. Grzegorza i św. Piusa V. Nad tabernakulum znajduje się figura św. Idziego z łanią. W prezbiterium za nastawą ołtarza znajduje się chór dla zakonników.
F.I. Weise jest również autorem organów z barokowymi rzeźbami. Organy w 1888 r. zostały uzupełnione przez E.Š. Petra elementami romantycznymi.
W lewej nawie bocznej od strony ołtarza głównego stoją następujące ołtarze: św. Wacława. Autorem obrazu jest V. V. Reiner. Po bokach od lewej figury św. Józefa i św. Jana Chrzciciela. Nad ołtarzem obraz Najświętszej Trójcy. Płaskorzeźba stanowiąca dolną dekorację ołtarza przedstawia śmierć św. Wacława. Stojąca przy ołtarzu marmurowa chrzcielnica z XIX w. wykonana przez O. Sandtnera zastąpiła umieszczoną pod kruchtą cynową chrzcielnicę z husyckich czasów (obecnie w muzeum m.st. Pragi). św. Wincentego Ferreriusza (obraz E. Dítěte).