Wojna Braci (ok. 240–236 p.n.e.) W latach późniejszych rozgorzała wojna domowa Seleukosa II z bratem, Antiochem Hieraksem, która stanowiła pewnego rodzaju przedłużenie wojny syryjskiej. Konflikt ten nazywany był Wojną Braci. Antioch Hieraks zarządzał Azją Mniejszą, oficjalnie będąc podległy swojemu bratu. Około 242 p.n.e. wykorzystał zaangażowanie Seleukosa w wojnie syryjskiej i ogłosił się niezależnym władcą. Hieraks ok. 239, 236 lub 235 p.n.e. pokonał Seleukosa w bitwie pod Ancyrą. Po tej bitwie Seleukos zawarł pokój z Hieraksem i przekazał mu we władanie ziemie na zachód od gór Taurus.
Wyprawa na Wschód Andragoras, satrapa Partii oraz Diodotus, satrapa Baktrii i Sogdiany, wykorzystali kłopoty Seleukosa i ogłosili niezależność od jego państwa. Niedługo później Partię najechał koczowniczy lud Parnów, który pokonał Andragorasa i zaczął zagrażać monarchii Seleukosa. Seleukos, po zawarciu pokoju z Hieraksem, ruszył z wyprawą na wschód przeciwko Parnom i zbuntowanym prowincjom Nie doszło do żadnego rozstrzygnięcia, gdyż Arsakes, władca Parnów najprawdopodobniej wycofał się na północ, a Seleukos musiał wrócić na zachód i ponownie mierzyć się ze swoim bratem.