(Uwaga:Sceny w aktach IV i V często nie są poukładane tak, jak opisano niżej.Niejednokrotnie są przycinane, lub niektóre numery po prostu wycina się w całości. Opis poniżej odnosi się do wersji pełnej, rozszerzonej)
Akt IV W mieście/kościele/ogrodzie Małgorzaty
Ciężarna i porzucona Małgorzata rodzi dziecko i staje się społecznym wyrzutkiem, o czym śpiewa przy kołowrotku (Il ne revient pas). Siébel ją wspiera. Małgorzata chce pomodlić się w kościele, ale zatrzymuje ją najpierw Mefistofeles, a później chór diabłów. Kończy swoje modlitwy, ale znów ulega kuszeniu diabła. Regiment Walentego wraca z wojny maszerując (Deposons les Armes). Siébel prosi Walentego aby przebaczył siostrze. Walenty rusza do jej zagrody. Faust i Mefistofeles przybywają do ogrodu a diabeł pod oknem Małgorzaty zaczyna śpiewać parodię serenady zakochanych. Z domu wychodzi Walenty i pojedynkuje się z Faustem lecz Faust okazuje się lepszy i brat Małgorzaty ginie. Ostatnim tchnieniem przeklina Małgorzatę skazując ją na męki piekielne (Ecoute moi bien Marguerite).
Akt V W górach Harzu podczas nocy Walpurgii / w więzieniu