Podczas wydarzeń marcowych Maurycy Horn bronił nietykalności miasteczka akademickiego i nie pozwolił milicji rozganiać i pacyfikować wieców, które odbywały się na terenie uczelni. Swoją rozwagą uchronił wielu strajkujących przed represjami. Za swoją postawę został usunięty z funkcji rektora na fali antysemickich ataków, jednak nie został zwolniony z uczelni.
W 1970 roku został dyrektorem Żydowskiego Instytutu Historycznego. Łączył tę funkcję z pracą dydaktyczną w Opolu. Wówczas został również członkiem Komitetu Badań Historycznych (od 1981) i Komitetu Nauk Orientalistycznych (od 1978) oraz Rady Towarzystw Naukowych Polskiej Akademii Nauk. W 1977 roku został członkiem zarządu Międzynarodowego Stowarzyszenia im. Janusza Korczaka. W 1981 roku został mianowany profesorem zwyczajnym. W 1984 roku po przejściu na emeryturę przeprowadził się wraz z żoną do Warszawy, gdzie zmarł. Został pochowany na cmentarzu żydowskim przy ulicy Okopowej w Warszawie (kwatera 2)Grób Maurycego Horna w bazie danych Cmentarza Żydowskiego przy ul.