A-League thumb|250px|Spotkanie pomiędzy Sydney FC a Newcastle United Jets, rozgrywane w ramach pucharu Pre-Season Challenge Cup (22 lipca 2006) Pierwszym trenerem w historii klubu został Niemiec Pierre Littbarski, który prowadził klub Sydney FC w sezonie inauguracyjnym (2005/2006) rozgrywek A-League. Sydney FC zainaugurowało rozgrywki w A-League w dniu 28 sierpnia 2005 roku w domowym spotkaniu przeciwko Melbourne Victory FC. Spotkanie zakończyło się remisem 1:1. W sezonie 2005/2006 klub awansował do serii finałowej rozgrywek, w której dotarł do finału (tzw. Grand Final). W meczu finałowym Sydney FC zwyciężyło zespół Central Coast Mariners FC w stosunku 1:0; zdobywając pierwszy tytuł mistrza Australii. W dwóch kolejnych sezonach (2006/2007, 2007/2008), Sydney FC wchodziło do serii finałowej rozgrywek za każdym razem odpadając na etapie ćwierćfinału. W sezonie 2006/2007 Sydney FC zostało wyeliminowane przez drużynę Newcastle United Jets (wynik w dwumeczu 2:3), a w sezonie 2007/2008 przez drużynę Queensland Roar (wynik w dwumeczu 0:2).