szereg analiz kladystycznych z ostatnich lat sugeruje, że w ogóle nie należał on do Mesonychia, lecz był taksonem siostrzanym do parzystokopytnych lub wręcz przedstawicielem kladu Cetartiodactyla, być może blisko spokrewnionym m.in. z rodziną Entelodontidae i rodzajem Indohyus. thumb|left|300px|Andrewsarchus zrekonstruowany jako przedstawiciel grupy Mesonychia
Mesonychia obejmują rodziny Mesonychidae i Hapalodectidae. Grupę o nazwie Triisodontidae lub Triisodontinae część autorów uważa za podrodzinę w obrębie rodziny Arctocyonidae, uznając je jednocześnie za możliwych przodków Mesonychia, inni zaś klasyfikują ją jako osobną rodzinę w obrębie Mesonychia. Niektóre analizy kladystyczne sugerują, że wbrew wcześniejszym przypuszczeniom Mesonychia nie były jednak blisko spokrewnione z Arctocyonidae, w związku z czym niepewna stała się pozycja filogenetyczna Triisodontidae/Triisodontinae; niektóre analizy kladystyczne sugerują ich bliskie pokrewieństwo z Arctocyonidae, inne sugerują, że były one siostrzane do kladu tworzonego przez Mesonychia i walenie, zaś jeszcze inne sugerują, że nie były one blisko spokrewnione ani z Arctocyonidae, ani z Mesonychia.