Czynił również pewne ustępstwa dla platonizmu i stoicyzmu.
Filopon jest też autorem dwóch samodzielnych prac filozoficznych: Contra Aristotelem, (praca zaginęła, długie jej fragmenty zachowały się u Symplicjusza w komentarzach do O niebie i Fizyki Arystotelesa) oraz Przeciw Proklosowi o wieczności świata (Katá Pròklu perí ajdiòtetos kòsmu). W tej drugiej, liczącej 18 ksiąg, pracy polemizuje z twierdzeniem Proklosa i filozofii starożytnej w ogóle, że świat istniał odwiecznie. Dzieło zachowało się w przekładzie syryjskim. W księdze I Filopon wskazywał, że nieskończoność Boga można poznać po nieskończoności Jego działania, i polemizował z poglądem, że stosunek światła do słońca jest analogiczny jak świata do Boga. W księdze II wywiódł, że idee zawsze są w Bogu, w księdze III wyjaśniał, dlaczego Bóg nie zawsze korzysta ze swej mocy, posługując się Arystotelesowskim podziałem na akt i możność. Księgę IV poświęcił niezmienności Boga, Jego opatrzności, i dowodził, że istnienie świata niczego nie dodaje do doskonałości Boga. W księdze V mówił o wieczności i czasie, w VI o tym, że świat został wytworzony. W księdze IX sprzeciwiał się przedkładaniu Platona nad prawdę, wskazując na błędy u Platona i dowodząc, że materia i formy materialne zostały stworzone.