Zaraz po niemieckiej okupacji Czech 15 marca 1939 wyjechał do Francji. W 1940 r. w Paryżu brał udział w powstaniu opozycyjnej wobec Benesza Czeskiej Rady Narodowej, ew. Czechosłowackiej Rady Narodowej. Šnejdárek był zrażony do byłego prezydenta już od połowy lat dwudziestych, gdy jego osobę wykorzystano do usunięcia ze stanowiska oraz w czasie jego procesu sądowego gen. Gajdy.

Po klęsce Francji w 1940 r. w obawie przed ludźmi Benesza schronił się w Maroku, gdzie zmarł w 1945 r.

Jeszcze w 1939 wydał swoją autobiografię pt. Co jsem prožil.

Odznaczenia Krzyż Wojenny 1914–1918 Medal Rewolucyjny Medal Zwycięstwa Order Legii Honorowej III klasy – Francja Croix de Guerre 1914–1918 – Francja Croix de Guerre TOE – Francja Médaille commémorative de la guerre 1914–1918 – Francja Médaille commémorative du Maroc – Francja Médaille coloniale – Francja Insigne des blessés militaires – Francja Order Alawitów II klasy – Maroko Francuskie Order Sławy IV klasy – Tunezja Order św. Sawy II klasy – Królestwo SHS Order Gwiazdy – Rumunia Order Korony I klasy – Rumunia Order św. Michała i św.