2 października 2006 komisja wyborcza ogłosiła wyniki wyborów, które ostatecznie wygrał urzędujący prezydent Levy Mwanawasa z 43% głosami poparcia, a drugie miejsce zajął Michael Sata z 29,4% głosów"Poll victory for Zambia president", BBC News, 2 października 2006..
Na początku grudnia 2006 Michael Sata został aresztowany pod zarzutem sfałszowania deklaracji majątkowej w czasie kampanii wyborczej. Sata zaprzeczył temu i uznał zatrzymanie za politycznie motywowane"Zambia opposition leader arrested", BBC News, 5 grudnia 2006.. Został zwolniony za kaucją, a 14 grudnia 2006 zarzuty oddalono, argumentując iż deklaracja majątku nie została złożona pod przysięgą.
15 marca 2007 Sata został deportowany z Malawi, niedługo po przybyciu do tego państwa. Oświadczył, że udał się tam na spotkanie z lokalnym biznesem i oskarżył władze Zambii o wywarcie wpływu na władze Malawi w sprawie jego deportacji oraz o rozsiewanie plotek o jego rzekomej pomocy i wsparciu dla byłego prezydenta Malawi Bakili Muluzi.
25 kwietnia 2008 przeszedł atak serca i został hospitalizowany w Johannesburgu w Południowej Afryce.