Był na krótko aresztowany przez Gestapo pod zarzutem dywersji w kopalni; po zwolnieniu kierował kopalnią jeszcze przez kilka miesięcy, a latem lub jesienią 1940 opuścił Libiąż i wyjechał do swojej rodziny przebywającej od 3 września 1939 w wybudowanym krótko przed wojną domu w podkrakowskim Bieżanowie. Zmarł po ciężkiej chorobie, wskutek przewlekłej niewydolności układu krążenia, w roku 1943.
Był dwukrotnie żonaty: w październiku 1907 ożenił się z 19-letnią Magdaleną Anną z domu Sznabl, z którą się potem rozwiódł (wyszła później za mąż po raz drugi; zmarła pod koniec lat 60. XX w.), a następnie w czerwcu 1923 z Marią z Wietrzykowskich herbu Korab wdową primo voto Borowską (1886-1959).
thumb|240px|Zdjęcie Szczotkowskiego zrobione mu w Portofino podczas jednej z podróży do Włoch. 240px|thumb|Grób na cmentarzu bieżanowskim Dużo podróżował, szczególnie po Europie i krajach wokół Morza Śródziemnego, interesował się techniką (w tym radiotechniką) i fotografią (był pionierem fotografii barwnej przed II wojną światową).