Plany odbudowy sporządzone przez architekta Teodora Burschego zostały zatwierdzone przez Biuro Odbudowy Stolicy.
Rekonstrukcja odbywała się w latach 1949–1957. 18 listopada 1956 odbyło się pierwsze nabożeństwo.
W 1965 roku świątynia została wpisana do rejestru zabytków. W 2019 zakończył się jej remont generalny.
Inne informacje W 1857 warszawski fotograf Karol Beyer wykonał serię 12 fotografii pokrywającą kompletny dookólny widok z kopuły kościoła. Kościół przez wielu był uważany za centralny punkt Warszawy, co ustalono przy pomocy wielu różnych pomiarów geodezyjnych pod koniec XIX wieku. 2 sierpnia 1959 w świątyni odbyło się pierwsze ekumeniczne nabożeństwo w języku esperanto odprawione przez duchownych mariawickich. W 1991 podczas IV pielgrzymki do ojczyzny, kościół odwiedził papież Jan Paweł II, a 25 maja 2006 przybył do niego Benedykt XVI w ramach spotkania ekumenicznego podczas pielgrzymki do Polski. 7 maja 2022 roku w kościele miało miejsce nabożeństwo, w trakcie którego ordynowano na urząd prezbitera 9 diakonek pełniących służbę w Kościele Ewangelicko-Augsburskiego.