Powoduje to powstanie nowych epitopów, które wywołują odpowiedź immunologiczną z powstawaniem przeciwciał przeciw tTG.
W surowicy pacjentów wykrywa się, obok przeciwciał przeciw transglutaminazie tkankowej (tTG), przeciwciała przeciwendomyzjalne (EmA), przeciwretikulinowe (ArA), przeciwgliadynowe (AgA) i przeciwciała przeciwko deaminowanym peptydom gliadyny (DGP). Przeciwciała przeciwendomyzjalne uważa się za rodzaj przeciwciał przeciw transglutaminazie tkankowej znajdującej się na powierzchni komórki. Przeciwciała znajdują zastosowanie w diagnostyce choroby, w klasie IgA oznaczane są przeciwciała przeciwendomyzjalne (EmA), przeciwko tkankowej transglutaminazie (tTG) oraz przeciwciała przeciwko deaminowanym peptydom gliadyny (DGP).
Opisywane są przypadki serokonwersji testu wykrywającego przeciwciała przeciw transglutaminazie tkankowej u dzieci, które przebyły biegunkę rotawirusową..
Genetyka Zdecydowana większość pacjentów chorych na celiakię posiada jeden z dwóch typów HLA-DQ: HLA-DQ2 albo DQ8. Gen ten jest częścią MHC klasy II układu receptora prezentującego antygen oraz umożliwia układowi odpornościowemu odróżnienie komórek własnych od obcych.