Największym miejscowym problemem było powszechne pijaństwo. Próbując z nim walczy namówiła miejscowych wodzów na handel pomiędzy sobą olejem palmowym jako środkiem płatniczym, zamiast dżinu, pistoletów i łańcuchów. Zwykłe dni upływały na opiece nad chorymi, wypraszaniu u wodzów łagodniejszych kar dla kobiet i wędrowaniu od wioski do wioski, gdzie jeszcze żaden biały człowiek nie postawił stopy. Po 5 letnim pobycie w Okoyong wyjechała ponownie do Szkocji.
Wicekonsul i zarządczyni okręgu Do Calabaru powróciła w lutym 1892 razem ze swoją adoptowaną córką Janie. W tym okresie sytuacja polityczna we wschodniej Nigerii uległa znacznym zmianom. W 1889 rząd brytyjski w porozumieniu z głównymi wodzami regionu ustanowił Protektorat Wybrzeża Nigeryjskiego. W 1891 sir Claude MacDonald został mianowany konsulem Jej Królewskiej Mości. Orientując się, że nie będzie łatwo zaprowadzić rządów brytyjskich w tym dzikim, oddalonym od reszty świata regionie delty Nigru, a zwłaszcza w okolicach Okoyong, postanowił mianować Mary Slessor wicekonsulem i zarządczynią okręgu. Choć początkowo odmówiła, zdała sobie sprawę, że nowe stanowisko pozwoli jej dopomóc krajowcom w zrozumieniu i przestrzeganiu nowych praw. Brytyjskie Biuro Spraw Zagranicznych było oburzone, że tak wysokie stanowisko powierzono kobiecie.