Po ukończeniu wiejskiej szkoły elementarnej Piotr Wawrzyniak w 1858 r. rozpoczął naukę w Gimnazjum w Śremie, gdzie, nie licząc trudności w nauce zaraz na początku edukacji i związanej z tym krótkiej przerwy w uczęszczaniu do szkoły, był jednym z najlepszych uczniów. Od 1865 r. należał do Marianów (organizacji później nazwanej Towarzystwem Tomasza Zana) [dostęp 2014-09-06].– działającej w szkole tajnej organizacji filomackiej, w 1866 r. został jej przewodniczącym. Organizacja ta stawiała sobie za zadanie propagowanie samokształcenia w zakresie historii, literatury i języka polskiego, a także oddziaływanie na młodszych kolegów oraz organizowanie obchodów rocznic narodowych. Wcześniej, zaraz po wybuchu powstania styczniowego w 1863 r., Piotr Wawrzyniak na kilka tygodni nawet samowolnie opuścił gimnazjum, chcąc przekroczyć granicę i walczyć z Rosjanami w Królestwie Polskim. Planów tych jednak nie zrealizował i na skutek perswazji ojca powrócił do szkoły.
W 1867 r. zdał maturę i wstąpił do seminarium duchownego w Poznaniu. W 1868 r. przyjął niższe święcenia, a w 1870 r. został subdiakonem. W tym samym roku przeszedł do seminarium w Gnieźnie, gdzie w 1871 r. otrzymał święcenia diakońskie.