Honda S2000 AP1 produkowana była od kwietnia 1999 do 2003 roku. W aucie zamontowano czterocylindrowy silnik benzynowy o pojemności 1997 cm³ DOHC VTEC i mocy od 240 do 250 KM (w zależności od rynku sprzedaży) współpracujący z 6-biegową manualną skrzynią biegów.

Zawieszenia auta utwardzono na podwójnych wahaczach oraz elektrycznie wspomaganym układzie kierowniczym. W standardowym wyposażeniu pojazdu znajdowały się 16-calowe opony marki Bridgestone model Potenza S-02. Kompaktowy i lekki silnik zamontowany za przednią osią umożliwia całkowity rozkład masy 50:50 (przód:tył). Auto w standardzie posiadało winylowy dach. Opcjonalnie kupić można było dach wykonany z aluminium.

W 2001 roku samochód przeszedł lekki face lifting modernizujący głównie wnętrze pojazdu: radio oraz dodając cyfrowy zegar na desce rozdzielczej. W 2002 roku zmieniono ustawienia zawieszenia pojazdu, a tylną szybę z tworzywa sztucznego zamieniono na szkło zawierające elektryczny odmrażacz, lekko zmieniono tylne reflektory, radio oraz sterownik silnika.

Wersja AP1 produkowana była w Takanezawa obok Hondy NSX.

Wersje: Mugen Type-S

AP2 prawo|250px mały|lewo|225px|Honda S2000 AP2 mały|lewo|225px|Tył S2000 AP2 mały|225px|Wnętrze Hondy S2000 AP1 mały|225px|Wnętrze Hondy S2000 AP2