Ostatni teren rzeczywiście wykorzystywany do pochówków gmina nabyła w 1630 roku, a ostatnie rozszerzenie cmentarza nastąpiło 10 listopada 1768 roku.
Ostatnią osobą pochowaną na cmentarzu był Mojżesz Lipman Beck, zmarły w 1787 roku. Trzy lata wcześniej cesarz Józef II ze względów higienicznych zakazał grzebania zmarłych na starych cmentarzach w centrach miast. Po zamknięciu cmentarza społeczność żydowska korzystała z cmentarza na Žižkovie, założonego podczas epidemii dżumy w 1680 roku, a od 1890 roku z Nowego Cmentarza Żydowskiego znajdującego się w kompleksie Cmentarzy Olszańskich.
Pochówki warstwowe Zgodnie z halachą grobów nie wolno likwidować, a nagrobek zmarłego powinien zostać zachowany. Gdy na ograniczonym terenie zabrakło miejsca, istniejące groby zasypywano kolejną warstwą ziemi, w której dokonywano następnych pochówków. Według części badaczy w niektórych miejscach może znajdować się nawet dziesięć takich warstw. Starsze nagrobki wyjmowano i ustawiano na nowo podniesionej powierzchni, co wyjaśnia ich dzisiejsze skupienie w niewielkich odstępach.