Podczas kampanii wrześniowej 1939 walczył ze swoim pułkiem w rejonie Uniejowa, Łęczycy i Kutna oraz w bitwie nad Bzurą. Dwukrotnie lekko ranny 10 września w walce na bagnety o Sierpów zdobył wraz ze swym plutonem niemiecki ciężki karabin maszynowy i wziął do niewoli jeńców. Sześć dni później, przeprawiając się wraz ze swym pułkiem przez Bzurę, pluton Pertkiewicza wpadł w zasadzkę; wyposażeni jednak w dwa ckm-y żołnierze, także dzięki umiejętnościom swego dowódcy, wydobyli się z okrążenia.
29 pp przez Puszczę Kampinoską, Młociny i Bielany kierował się na odsiecz Warszawie. 22 września pluton Pertkiewicza ostrzelany z ciężkiej broni maszynowej i moździerzy poniósł ciężkie straty w okolicach cmentarza włoskiego na Bielanach, a sam Pertkiewicz został znowu ranny. Pięć dni później, podczas walk jego plutonu w obronie stacji Warszawa Zachodnia, został ponownie ranny, tym razem ciężko (w szyję). Przetrwał jednak kilkadziesiąt godzin na polu walki do chwili, kiedy kolejarze przenieśli go do jednego z warszawskich szpitali. Zbieg okoliczności sprawił, że przy poprzednim zranieniu pomocy udzielono mu w szpitalu, w którym służbę pełniła (w ramach wojskowej służby kobiet) jego matka, powołana tam w obliczu nadciągającej wojny.