Po powrocie do parlamentu w 1929 został ministrem transportu w drugim rządzie MacDonalda i był nim do 1931. W 1933 został liderem frakcji labourzystów w radzie hrabstwa Londynu, a w 1934 przewodniczącym tej rady. Na tym stanowisku doprowadził do ujednolicenia systemu transportu w Londynie oraz stworzył pas zieleni wokół przedmieść. Po powrocie do ław parlamentu w 1935 stanął do wyborów na lidera Partii Pracy, ale przegrał z Clementem Attlee. W gabinecie wojennym Winstona Churchilla objął w 1940 stanowisko ministra zaopatrzenia. Wkrótce jednak został ministrem spraw wewnętrznych. W 1943 bez powodzenia startował w wyborach na skarbnika Partii Pracy.
Wraz z końcem II wojny światowej Morrison wraz z całą Partią Pracy opuścił gabinet wojenny. Brał udział w przygotowaniu manifestu wyborczego labourzystów Let us Face the Future. Po wygranych wyborach został Lordem Przewodniczącym Rady, przewodniczącym Izby Gmin oraz wicepremierem. W 1951 został na krótko ministrem spraw zagranicznych. W latach 1945–1955 był również wiceprzewodniczącym Partii Pracy. W 1955 wystartował w wyborach na lidera tego ugrupowania, ale przegrał z Hugh Gaitskellem.