Latem 2006 Gërçaliu został wypożyczony do SK Sturm Graz i w tym klubie doszedł do dawnej formy. Po pół roku trafił na zasadzie wypożyczenia do stołecznej Austrii. 25 lutego rozegrał w niej swój pierwszy mecz – Austria zremisowała 2:2 z Wacker Tirol. Do końca sezonu był podstawowym zawodnikiem „Fioletowych” i zdobył Puchar Austrii. Latem 2007 roku okres wypożyczenia Gërçaliu przedłużono o rok. 7 października zdobył swojego pierwszego gola w Bundeslidze w wygranym 2:1 domowym meczu z SV Ried. Latem 2008 roku Gërçaliu powrócił do Red Bull Salzburg. W 2009 roku został z nim mistrzem Austrii. W sezonie 2009/10 grał w SC Wiener Neustadt, a latem 2010 roku został piłkarzem niemieckiego drugoligowca, FC Ingolstadt 04. Nie zdołał jednak wystąpić w żadnym spotkaniu pierwszego zespołu, zagrał cztery mecze w drużynie rezerw.