W drugiej połowie XVII wieku jako właściciel majątku figuruje cześnik oszmiański i szambelan króla Stanisława Augusta Poniatowskiego Daniel Buczyński, po którym dobra łyntupskie dziedziczy jego syn Maurycy.
Prywatne miasto magnackie położone było w końcu XVIII wieku w powiecie oszmiańskim województwa wileńskiegoВялікі гістарычны атлас Беларусі Т.2, Mińsk 2013, s. 80..
W wyniku III rozbioru Polski (1795) Łyntupy stały się częścią Imperium Rosyjskiego, a od 9 września 1801 leżały w powiecie zawilejskim w guberni wileńskiej. Podczas powstania listopadowego 5 maja 1831 roku do miasteczka weszły oddziały powstańców, skąd udały się do powiatu oszmiańskiego. W 1843 Łyntupy stały się siedzibą powiatu święciańskiego. W 1864 roku majątek kupuje Jerzy Biszewski herbu Abdank, petersburski adwokat. Majątek odziedziczyli dwaj synowie Józef i Edward, jednak ten drugi wcześnie zmarł. Józef był właścicielem majątku do 1939 roku.
W 1885 roku w Łyntupach było 13 dworów, kościół, synagoga, szkoła (otwarta w 1866), hospicjum, 3 kramy, karczma, odbywały się targi. W 1897 wybudowano linię kolejową Wilno–Połock.