Od 1911 roku był profesorem uniwersytetów w Nancy, Lille i Besançon, w 1919 rozpoczął pracę na analogicznym stanowisku w Dijon. Po śmierci Aularda objął jego stanowisku na Sorbonie.

Albert Mathiez zasłynął jako obrońca Robespierre'a, który w dotychczasowej historiografii dość jednoznacznie klasyfikowany był jako krwiożerczy tyran. Mathiez podkreślał egalitaryzm Komitetu Ocalenia Publicznego, walkę z pogłębianiem się różnic społecznych, a także sukcesy na froncie odniesione właśnie za rządów drugiego KOP. W dużej mierze usprawiedliwiał też zdecydowane środki powzięte przez Robespierre'a w celu obrony wewnętrznej stabilności kraju, w tym okres terroru.

Był prekursorem badań nad ekonomiczną i społeczną rewolucji, którą również jako jeden z pierwszych ujmował przede wszystkim jako ogromny ruch masowy, w którym to uzbrojony lud Paryża odgrywał wiodącą rolę i skutecznie wywierał nacisk na rządzących krajem, których rolę osobistą uważał za przecenianą. Zbliżał się w ten sposób do marksistowskiego ujmowania dziejów, chociaż nie posługiwał się charakterystyczną dla socjalizmu naukowego terminologią.

Mathiez wyróżniał się gwałtownością charakteru, w obronie swoich poglądów bywał nawet fizycznie agresywny. W 1896 r. stracił lewe oko po bójce, która jak wspominał miała podłoże polityczne.