Widoczną zmianą w stosunku do poprzednich transporterów jest inny kształt przodu kadłuba, z nachyloną płytą górną, bez przednich okien kierowcy i dowódcy.
Uzbrojenie stanowi armata automatyczna 30 mm sprzężona z karabinem maszynowym 7,62 mm, wyrzutnia pocisków przeciwpancernych 9M113 Konkurs na wieży i montowany zewnętrznie na wieży granatnik automatyczny AGS-17 kalibru 30 mm.
Prototyp BTR-90 ujawniono w 1994 roku. Przez kilkanaście lat po debiucie były wprowadzane drobne modernizacje i proponowano nowe warianty. W 2004 roku pojazd ukończył próby państwowe, lecz dopiero 9 czerwca 2008 roku został formalnie przyjęty na uzbrojenie armii rosyjskiej. Mimo to, pojazd nie był zamawiany w serii przez wojsko, a w 2011 roku ostatecznie zrezygnowano z produkcji BTR-90, który miał być zastąpiony przez nowy transporter Bumierang, a tymczasowo przez zmodernizowany starszy BTR-82A.
Wielkość produkcji pojazdu nie była ujawniona. Niewielka liczba pojazdów jest na wyposażeniu Sił Zbrojnych Federacji Rosyjskiej – szacuje się, że około 10 egzemplarzy przedseryjnych.