Równocześnie brak jest wyraźnej podstawy prawnej dla odmowy wydania decyzji, nawet jeśli nie jest ona zgodna (narusza ustalenia) ze studium uwarunkowań i kierunków zagospodarowania przestrzennego – nie jest ono aktem prawa miejscowego i nie może być podstawą wydania decyzji administracyjnej. Często spotykaną patologią jest w związku z tym blokowanie opracowania planu zagospodarowania przez inwestorów po to, by uzyskać zgodę na zabudowę sprzeczną ze studium, w drodze decyzji WZ, co nie byłoby możliwe, gdyby obowiązywał plan miejscowy. Zdarzają się również przypadki wydawania decyzji o warunkach zabudowy na terenach, na których następnie lokowane są inwestycje publiczne np. drogi.
Dopuszczalność wydania decyzji sprzecznej ze studium bywa kwestionowana w literaturze i orzecznictwie, jako sprzeczna z zasadą wzajemnej spójności aktów planowania przestrzennegoWyrok NSA, II OSK 1250/08: Taka wykładnia (...) byłaby nie do pogodzenia z zasadami prawnego systemu planowania przestrzennego w Polsce i niedopuszczalna w demokratycznym państwie prawnym, a przez to sprzeczna z KonstytucjąZ. Leoński, M. Szewczyk, Zasady prawa budowlanego i zagospodarowania przestrzennego, Bydgoszcz-Poznań 2002, s.