Podczas gdy badanie RNA sugerowało, że gatunek A był bardziej spokrewniony z gatunkiem B niż z C, to podobieństwo oparte na DNA mówiły coś dokładnie przeciwnego.
Im więcej molekularnych sekwencji było dostępnych do porównawczych analiz, tym więcej pojawiało się sprzeczności pomiędzy molekularnymi filogenezami. By wyjaśnić wzorzec pokrewieństw należało założyć, że bakterie i archeony wymieniały się materiałem genetycznym z innymi gatunkami, również tymi taksonomicznie odległymi. Taka wymiana genów zyskała nazwę horyzontalny transfer genów.
W 2008 roku Tal Dagan i William Martin z Uniwersytetu Heinricha Heinego w Düsseldorfie przebadali pół miliona genów pobranych z 181 prokariotów i stwierdzili, że ponad 80% z nich nosi oznaki horyzontalnego transferu.
Najważniejsze cechy thumb|250px|Drzewo rodowe paprotników – widać odnogi do mszaków i nasiennych thumb|250px|Drzewo filogenetyczne organizmów żywych – inne rozwiązanie graficzne Istotą drzewa filogenetycznego jest to, że pokazuje pokrewieństwo ewolucyjne umieszczonych na nim taksonów. Sposób zobrazowania tego ma znaczenie drugorzędne.